Museoa, gaur egun, ondo berezitako bi aretotan banatuta dago. Lehendabizikoan, fosil ornogabeak eta Euskadiko fosilak daude.

Areto honetan hamaika horma-erakustoki ditugu. Horietako batean landareak daude erakusgai. Gainontzeko erakustokietan, aldiz, mota guztietako ornogabeak; esate baterako, trilobite klaseko artropodoen fosilak, intsektuak eta krustazeoak. Horretaz gain, koralak, estromatolitoak eta graptolitoak ere badira; baita krinoideoen, ekinidoen zistoideoen, asteroideoen eta ophiuroideoen motako ekinodermatuak ere. Era berean, molusku bibalbioak eta gasteropodoak, nahiz amoniteen eta belemniteen gisako molusku zefalopodoak ere baditugu. Erdialdean, hamasei erakustoki txiki ditugu, eta bertan Euskadiko fosilak daude: gutxi gorabehera, 1.000 ale.

Halaber, lehendabiziko areto honetan, uhin luzeko argi beltza duen fluoreszentzia-ganbera bat daukagu. Horri esker, ikusleek hainbat mineralen efektu kromatikoak ikus ditzakete.

Bigarren aretoan, ordea, fosil ornodunak eta mineralak daude. Gaur egun, bertan, hamalau horma-erakustoki handi daude, eta mahai gaineko erakustoki bi. Horietariko batean, mamut eme baten garezurra ikus daiteke, jatorrizko hortzak dituela. Bestean, aldiz, Ursus spelaeus delakoaren hartz-kume bat dago. Horma-erakustokietan orotariko fosilak ikusi ahal izango ditugu: dinosauro txikiak, dinosauro arrautzak, marrazo hortzak, eta hainbat aztarnategitatik (Estatu Batuak, Libano, Txina, Brasil, Alemania, e.a.) datozen arrainak. Ugaztunen, dortoken eta narrastien garezurrak ere badaude, eta txorien, anfibioen eta abarren fosilak ere bai. Horiek guztiak sailkatuta eta klasifikatuta ditugu.

Mineralentzako lau erakustokietan, kristalizazioz osatutako bilduma handi bat daukagu. Horiek sistematikoki antolatuta daude. Bertan, Navajuneko piritak, Brasileko kuartzoak, Indiako zeolitak, Reynolds galenak, kontinente guztietako fluoritak, meteoritoak ... dira aipagarrienak.