Ubicado en el palacio Augustin-Zulueta, ha vivido desde su fundación, en 1942, múltiples transformaciones hasta concretarse en la actualidad en un museo dedicado al arte español de los siglos XVIII y XIX y de forma más especializada, al arte vasco del periodo 1850-1950.

Planteado en sus orígenes como Casa de Álava, alojó durante años tanto los museos de arte y arqueología como el archivo y la biblioteca provinciales, el museo de Naipes Fournier y la colección de numismática.

La colección de Bellas Artes se nutrió de obras procedentes del propio patrimonio de la Diputación de Álava, e importantes depósitos de la Diócesis de Vitoria, Museo del Prado, Escuela de Artes y Oficios, de particulares, así como de las compras que a partir de entonces inició la institución. En los años 60, se firma un convenio con la Fundación Amárica para la exhibición de forma permanente del legado del artista alavés Fernando de Amárica, y la década de los 70 viene marcada por el inicio de una importante colección de Arte Contemporáneo.

1999 será un año clave en su historia, ya que el cierre de sus instalaciones para su reforma, coincide con una profunda reestructuración de sus contenidos, produciéndose una división de las colecciones que implica la salida de la obra clásica, en su mayor parte de temática religiosa, al Museo Diocesano de Arte Sacro (Catedral de Mª Inmaculada de Vitoria) y la colección de Arte Contemporáneo a un edificio de nueva construcción, Artium, Centro Museo Vasco de Arte Contemporáneo.

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