Actualmente el museo cuenta con dos salas bien diferenciadas, la primera esta dedicada a fósiles invertebrados y fósiles de Euskadi .

En esta sala apreciamos once grandes vitrinas murales. Una de ellas dedicada a los vegetales. El resto de las vitrinas están dedicadas a todo tipo de invertebrados. Ejemplos: Fósiles de artrópodos de la clase de los trilobites, insectos y crustáceos. También hay corales, estromatolitos y graptolitos. Equinodermos como los crinoideos, equínidos, cistoideos, asteroideos y ophiuroideos. Moluscos bivalvos y gasterópodos, moluscos cefalópodos como los ammonites y los belemnites. En la parte central tenemos 16 vitrinas de pequeñas dimensiones que están dedicadas a fósiles de Euskadi con cerca del mil ejemplares.

Así mismo en esta primera sala tenemos una cámara de fluorescencia con luz negra de onda larga, donde el público puede apreciar los efectos cromáticos de determinados minerales.

La segunda sala esta dedicada a fósiles vertebrados y minerales. En ella se disponen, en la actualidad, de catorce grandes vitrinas murales, dos de sobremesa. Una de ellas con un craneo de mamut hembra con sus colmillos originales, y la otra de un osezno de Ursus spelaeus. En las vitrinas se encuentran fósiles de todo tipo, desde pequeños dinosaurios, huevos de dinosaurios, dientes de tiburones y peces de diferentes yacimientos que van desde Estados Unidos hasta El Líbano, pasando por China, Brasil, Alemania etc. También hay cráneos de mamíferos, tortugas y reptiles. Fósiles de pájaros, anfibios etc. Todos ellos clasificados y catalogados.
En las cuatro vitrinas de minerales tenemos una amplia colección de cristalizaciones ordenadas sistemáticamente, destacando las piritas de Navajun, cuarzos de Brasil, zeolitas de la India, galenas de Reynols, fluoritas de todos los continentes, meteoritos etc.

A parte de esto, en el recibidor, tenemos cinco vitrinas murales dedicadas principalmente a exposiciones intinerantes.
También se dispone de una amplia colección de minerales de las minas y montes de Euskadi.