Gordailua está adscrito al Departamento de Cultura, Turismo, Juventud y Deportes. Acoge las colecciones patrimoniales de la Diputación Foral de Gipuzkoa. Asimismo, conserva los bienes del Museo San Telmo y de otras entidades públicas y privadas, como, por ejemplo, la obra del artista Nestor Basterretxea. La mayor parte de este patrimonio son piezas etnográficas y obras de arte, en total más de 70 000 objetos.
Desde 2015, Gordailua también es el depósito de Arqueología y Paleontología de Gipuzkoa para la custodia de las piezas arqueológicas y paleontológicas obtenidas en excavaciones, prospecciones o hallazgos casuales en este territorio. Este depósito reúne más de 10 000 cajas.
Además de mantener su propio programa de adquisiciones, Gordailua analiza cualquier oferta de donación, venta o cesión que reciba de particulares o entidades, de acuerdo a una serie de criterios: estado de conservación, contribución a las colecciones, si es indicativo de una época, un territorio, un sector social, etcétera.